Den 61-årige træner skal have foretaget en hjerteoperation samt en hofteudskiftning, hvilket midlertidigt vil sætte hans offseason-planlægning på pause.
Det oplyser NFL.
To omfattende operationer for Harbaugh
Harbaugh afslørede under et pressemøde, at han skal have en ablation for at behandle en uregelmæssig hjerterytme.
Proceduren er nødvendig, da han har døjet med atrieflimren i mange år, hvilket får hjertet til at slå for hurtigt.
Problemet blev tydeligt under en kamp mod Denver Broncos i oktober, hvor Harbaugh midt under første halvleg måtte forlade sidelinjen og få målt sit hjerte med en EKG.
Efter en behandling med magnesium kunne han vende tilbage til kampen.
Erfaring med hjerteproblemer
Den kommende operation vil blive Harbaughs tredje ablation, efter lignende procedurer i 1999 og 2012.
Ved en ablation brænder eller fryser man små områder i hjertet for at skabe ar, der hjælper med at stabilisere hjerterytmen.
Foruden hjerteproblemer har Harbaugh også kæmpet med smerter i hoften og en markant haltende gang, som især var tydelig i slutningen af sæsonen.
På trods af sine helbredsproblemer leverede Harbaugh imponerende resultater i sin første sæson som træner for Chargers.
Han sikrede holdet seks sejre mere end året før, efter at han kom til NFL igen fra en succesrig sæson med Michigan Wolverines.
Selvom Harbaugh står over for to store operationer, er han fast besluttet på at vende tilbage til arbejdet med general manager Joe Hortiz, så snart det er muligt.
